ความเป็นมา
การประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยเกิดจากการริเริ่มของคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยที่มีความเห็นพ้องกันว่าการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษามีปัญหาร่วมกันหลายประการ ฉะนั้นควรจะมีการประชุมผู้ที่เกี่ยวข้องมาปรึกษาหารือกันในเรื่องการจัดการการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา โดยได้มีการประชุมครั้งแรกในปี พ.ศ. 2526 ที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในปีแรก ๆ มหาวิทยาลัยของรัฐเป็นผู้จัดประชุม จนกระทั่งมีมหาวิทยาลัยเอกชนเข้าร่วมการประชุม จึงได้มีการสลับกันเป็นเจ้าภาพระหว่างสถาบันของรัฐและสถาบันของเอกชน
ต่อมาในการประชุมสามัญคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทยครั้งที่ 13 ในปี 2538 ณ จังหวัดพิษณุโลก ที่ประชุมเห็นว่าได้มีการจัดการประชุมโดยผลัดเปลี่ยนกันเป็นเจ้าภาพเช่นนี้มานานแล้ว น่าจะมีหน่วยงานที่รับผิดชอบในการรวบรวมข้อมูลข่าวสารของที่ประชุมตลอดจนนำมติของที่ประชุมไปดำเนินการ เพื่อให้เกิดผลในทางปฏิบัติต่อไป จึงได้ริเริ่มให้มีการตั้งสำนักงานของที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทยขึ้น โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ
1. เพื่อส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา และที่เกี่ยวข้องไปสู่ความเป็นเลิศ
2. เพื่อส่งเสริม และสนับสนุนให้เกิดความร่วมมือทางวิชาการระหว่างสถาบัน
3. เพื่อสร้าง และกระชับความสามัคคีในระหว่างสถาบันให้ทำงานร่วมกันอย่างมีประสิทธิการ
ในการประชุมวิสามัญครั้งที่ 1/2539 ณ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ที่ประชุมฯ ได้รับรองระเบียบที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย และระเบียบสำนักงานเลขาธิการที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย และเมื่อมีการประชุมสามัญคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทยขึ้น สถาบันเจ้าภาพจะดำเนินการร่วมกับสำนักงานเลขาธิการที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย
ต่อมาในการประชุมสามัญครั้งที่ 19 เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2544 ณ มหาวิทยาลัยรังสิต ที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย ได้พิจารณาปรับปรุงองค์กรและการบริหารงานของที่ประชุมให้มีความกระทัดรัดขึ้น โดยได้รับรองธรรมนูญสภาคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย (สคบท.) พ.ศ. 2544 รวมองค์กรที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย และสำนักงานเลขาธิการที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย เข้าเป็นองค์เดียวและเปลี่ยนชื่อเป็น "สภาคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทยเป็นฝ่ายบริหารงานประจำของสภาฯ และมีการเปลี่ยนแปลงวัตถุประสงค์เพื่อให้สอดคล้องกับสภาพปัจจุบัน คือ
1. เพื่อกำหนดทิศทางการพัฒนาการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการ
2. เพื่อส่งเสริม สนับสนุน และเป็นศูนย์กลางการประสานงาน ความร่วมมือระหว่งสถาบันทั้งในประเทศและต่างประเทศ
3. เพื่อให้คำปรึกษา ข้อเสนอแนะ และรับฟังความคิดเห็นในการจัดการ การศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาแก่หน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
4. เพื่อสร้างความสามัคคีระหว่างสถาบันให้ทำงานร่วมกันอย่างมีประสิทธิภาพ