1. เพื่อส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา และที่เกี่ยวข้องไปสู่ความเป็นเลิศ

     2. เพื่อส่งเสริม และสนับสนุนให้เกิดความร่วมมือทางวิชาการระหว่างสถาบัน

     3. เพื่อสร้าง และกระชับความสามัคคีในระหว่างสถาบันให้ทำงานร่วมกันอย่างมีประสิทธิการ

     ในการประชุมวิสามัญครั้งที่ 1/2539 ณ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ที่ประชุมฯ ได้รับรองระเบียบที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย และระเบียบสำนักงานเลขาธิการที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย และเมื่อมีการประชุมสามัญคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทยขึ้น สถาบันเจ้าภาพจะดำเนินการร่วมกับสำนักงานเลขาธิการที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย

     ต่อมาในการประชุมสามัญครั้งที่ 19 เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2544 ณ มหาวิทยาลัยรังสิต ที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย ได้พิจารณาปรับปรุงองค์กรและการบริหารงานของที่ประชุมให้มีความกระทัดรัดขึ้น โดยได้รับรองธรรมนูญสภาคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย (สคบท.) พ.ศ. 2544 รวมองค์กรที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย และสำนักงานเลขาธิการที่ประชุมคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทย เข้าเป็นองค์เดียวและเปลี่ยนชื่อเป็น "สภาคณบดีบัณฑิตวิทยาลัยแห่งประเทศไทยเป็นฝ่ายบริหารงานประจำของสภาฯ และมีการเปลี่ยนแปลงวัตถุประสงค์เพื่อให้สอดคล้องกับสภาพปัจจุบัน คือ

     1. เพื่อกำหนดทิศทางการพัฒนาการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการ

     2. เพื่อส่งเสริม สนับสนุน และเป็นศูนย์กลางการประสานงาน ความร่วมมือระหว่งสถาบันทั้งในประเทศและต่างประเทศ

     3. เพื่อให้คำปรึกษา ข้อเสนอแนะ และรับฟังความคิดเห็นในการจัดการ การศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาแก่หน่วยงานที่เกี่ยวข้อง

     4. เพื่อสร้างความสามัคคีระหว่างสถาบันให้ทำงานร่วมกันอย่างมีประสิทธิภาพ